Zentrale Gruppe

Biomolekulare Datenwissenschaft in der Lungenheilkunde

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Projekte

Die Forschung der Gruppe basiert auf Sequenzierdaten und bioinformatischen Methoden und umfasst die Bereiche Genomik, Transkriptomik und zunehmend auch Epigenomik und Epitranskriptomik. Entsprechende OMICs-Daten werden integriert und in erster Linie mit genetischer Variation verknüpft, um ein Systemverständnis von Lungenerkrankungen zu erreichen.

 

Ausgewählte laufende Projekte

  • Genetische Risikoabschätzung und Krankheitsvorhersage durch maschinelles Lernen
  • Entwicklung von Tools, z.B. für Varianten- oder Haplotyp-Visualisierung
  • Nanopore direkte DNA- und RNA-Sequenzierdatenanalysen, z. B. RNA-Modifikationserkennung
  • Genomische Referenzdaten

Bei Interesse an einer Zusammenarbeit melden Sie sich gerne, zum Beispiel für Bachelor- oder Masterarbeiten, Promotions- und Postdoc-Möglichkeiten oder Kooperationen!

 

High Performance Computing (HPC)-Infrastruktur

Die Gruppe harmonisiert, administriert und erweitert eine High-Performance-Computing (HPC)-Infrastruktur, um sie am FZB allen Forschungsgruppen anzubieten. Diese ermöglicht, Daten aus allen internen Short- und Long-Read Sequenzierungs-basierten Untersuchungen zu analysieren und zu speichern. Die Gruppe baut derzeit ein begleitendes zentrumsweites FAIR Sequenzierrohdatenmanagement auf.

 

Beratung

Wir beraten alle Forschenden am FZB zu HPC, OMICs Versuchsaufbau, Rechenmethoden und Datenmanagement (Termine verfügbar dienstags).

 

Workflows

Wir bieten Workflows für OMICS-Analysen an, für die am FZB eine hohe Nachfrage besteht, sowie entsprechende Schulungen. Derzeitige Bemühungen konzentrieren sich auf die Analyse von Short-Read RNA-Sequenzierdaten.