Bioanalytische Chemie
Der Schwerpunkt unserer Forschung liegt in der Identifikation und Quantifizierung von Membrankomponenten und immunologisch aktiver Biomoleküle. Wir sind auf die Analyse von Lipiden, Glykokonjugaten und Zellwandkomponenten spezialisiert. Unser Ziel ist es hierbei Signalkaskaden und Biosynthesewege auf molekularer Ebene zu entschlüsseln, die aufgrund entzündlicher Prozesse und Infektionen verändert sind. Dazu entwickeln wir OMICs-basierte Arbeitsabläufe sowie Methoden für strukturanalytische Untersuchungen und wenden diese an. In unserer FG vereinen wir Kompetenzen in der Massenspektrometrie (MS) und der Kernspinresonanzspektroskopie (NMR), was uns die ausführliche Erforschung von metabolischen Prozessen sowohl in biologischen Modellsystemen als auch in klinischen Proben erlaubt.
Die FG Bioanalytische Chemie widmet sich der Identifikation und Quantifizierung immunbiologisch relevanter Biomoleküle und Membrankomponenten. Unsere FG hat sich dabei auf die Analyse von Lipiden, Glycokonjugaten sowie Zellwandkomponenten spezialisiert. Unsere Forschung ermöglicht einen Einblick in die komplexen Signalprozesse und Biosynthesewege auf molekularer Ebene, die durch Entzündungen und Infektionen moduliert werden. Hierbei können wir auf OMICs Workflows sowie strukturanalytische Methoden zurückgreifen. Die FG kann dabei auf eine einzigartige Kompetenz in der Massenspektrometrie (MS) und Kernspinresonanz (NMR) verweisen, um metabolische Prozesse in biologischen Modellen sowie in der translationalen Forschung zu charakterisieren.
Ausgewählte Projekte
(1) Struktur-Funktions-Analysen mykobakterieller Zellwandkomponenten
Das Verständnis der Interaktion von Zellwandkomponenten des Tuberkulose-Erregers M. tuberculosis (M.tb) mit den Rezeptormolekülen und Membranen des Wirts ist der Schlüssel für neue Diagnoseverfahren sowie therapeutische und prophylaktische Interventionen. Wir entwickeln analytische Methoden, um die komplexe Zellwandstruktur von M.tb mit der NMR und MS zu untersuchen. Dabei suchen wir im Rahmen unserer Forschung im Deutschen Zentrum für Infektionsforschung (DZIF) nach lipid-basierten diagnostischen Markern, um die Therapie zu begleiten. In Zusammenarbeit mit unseren Kooperationspartnern (Molekulare Mykobakteriologie, Mikrobielle Grenzflächenbiologie, Zelluläre Mikrobiologie, Klinische Infektiologie, Nationales Referenzzentrum für M.tb) untersuchen wir die Membran-gebundenen und lipid-metabolischen Prozesse, die M.tb ausnutzt, um der Immunantwort des Wirts zu entgehen.
(2) Der Lipidmetabolismus der Lunge
Die Lunge ist einem ständigen Kontakt mit der Umwelt, wobei durch die Atemluft Partikel, toxische Substanzen, Allergene und Pathogene mit den Epithelgeweben interagieren. Die Barriere-Funktion und das Immunsystem in der Lunge sind daher entscheidend für die menschliche Gesundheit. Für die Atemphysiologie ist dabei die Produktion von Surfactant, einem grenzflächenaktiven Suspension von Phosphoglycerolipiden und Proteinen, entscheidend. Dadurch besteht ein spezieller Link zwischen dem Lipidmetabolismus und dem Atemvolumen bzw. Sauerstoff, der im alveolaren Gewebe aufgenommen werden kann. Hier sind Pneumozyten des Typ II dafür verantwortlich das Surfactant vesikulär zu sekretieren, während Pneumozyten des Typ I mehr als 90% der alveolaren Grenzflächen bedecken. Typ I Pneumozyten sind besonders dünn und müssen daher ein speziell angepasste Membranzusammensetzung besitzen, um den Gasaustausch und die Barriere-Funktion zu ermöglichen. Im Rahmen unserer Forschung im Deutschen Zentrum für Lungenforschung (DZL) untersuchen wir die krankhaften Veränderungen des Lipidmetabolimus in der Ausbildung der Chronisch obstruktiven Lungenerkrankung (COPD) an klinisch wohl definierten Biopsien zusammen mit der Klin. und Exp. Pathologie sowie der LungenClinic Grosshansdorf. Wir ergänzen unsere Untersuchungen dabei mit Tiermodellen, wobei allergische und immunmodulierende Reaktionen im Atemwegsepithel zusammen mit Prof. Peter König (Uni Lübeck) untersucht werden.
(3) Struktur-Funktions-Untersuchungen an Teichonsäuren von S. pneumoniae
Die Teichonsäuren des humanen Lungenpathogens S. pneumoniae sowie die einiger artverwandter Baktererien (wie S. oralis und S. mitis) zeichnen sich zum einen durch eine ungewöhnlich hohe strukturelle Komplexizität, zum anderen durch den für Bakterien eher ungewöhnlichen Substituenten Phosphorylcholin (P-Cho) aus. Diese P-Cho-Substituenten spielen besonders in S. pneumoniae eine essentielle Rolle, da sie den Zellwandanker für Cholin-bindenen Proteine (CBPs) darstellen. Proteine dieser Klasse übernehmen eine Vielzahl essentieller Funktionen in physiologischen Vorgängen wie dem Zellwandaufbau oder der Adhäsion an Wirtszellen. Gemeinsam mit unseren Kooperationspartnern (Prof. Dr. Sven Hammerschmidt und Dr. Thomas Kohler (Univ. Greifswald), Dr. Dalia Denapaite (Univ. Kaiserslautern), Prof. Dr. Waldemar Vollmer (Univ. Newcastle, England), Prof. Dr. Christian Marcus Pedersen (Univ. Kopenhagen, Dänemark), Prof. Dr. Juan Hermoso (CSIC, Madrid, Spanien)) widmen wir uns der molekularen und strukturellen Analyse der Teichonsäurebiosynthese sowie deren Bedeutung für die bakterielle Pathophysiology.
Drittmittel
- Deutsches Zentrum für Infektionsforschung (DZIF), Thematische Translationseinheit Tuberkulose; ClinTB
- Untersuchung der Struktur und Biosynthesewege von Glykosylglycerolipiden und Teichonsäuren in Streptococcus suis sowie deren Einfluss auf dessen Pathogenität (DFG)
- Lipidomics Informatics for Life-Science – LIFS de.NBI - Deutsches Netzwerk für Bioinformatik-Infrastruktur
- Flavodoxin inhibitors to kill resistant bacteria (FLAV4AMR, EU)
Verbünde
Analytische und semi-präparative Flüssigkeitschromatografie (LC, HPLC)
Wir verwenden unterschiedliche Flüssigkeitschromatografien, um Bakterienextrakte zu fraktionieren und ihre Komponenten zu isolieren. Diese werden dann mittels NMR und MS untersucht (Gisch et al., Bioorg. Med. Chem. Lett. 2011; Zähringer et al., J. Biol. Chem. 2014; Ranf et al., Nat. Immunol. 2015; Gisch et al., J. Biol. Chem. 2018).
Bioinformatik
Zur Identifizierung und Quantifizierung von Lipiden verwenden wir die LipidXplorer Software-Plattform (Herzog et al., Genome Biol. 2011; Herzog et al., PLOS ONE 2012; Herzog et al., Current Protocols in Bioinformatics 2013). Weitere Informationen hierzu befinden sich auf dem Lipidomics Informatics for Life Scinces (LIFS) Webportal. Wir wenden verschiedene statistische Methoden und Ansätze zur multivariaten Datenanalyse an, um unsere Lipidomics-basierten Daten zu interpretieren (Eggers et al., Scientific Reports 2017).
Lipidom-Homologie
Wir haben eine neue Metrik zur Bestimmung der Ähnlichkeit von Lipidomen verschiedener Organismen, Gewebe- und Zelltypen entwickelt. Dieses Homologie-Konzept ermöglicht es funktionale Assoziationen zwischen Lipidom-Kompositionen zu bestimmen, die es ermöglicht besser die Parallelen von Lipid-metabolischen Veränderungen in menschlichen Erkrankungen mit Hilfe von Modellorganismen zu untersuchen (Marella et al., PLOS Comp. Biol. 2015; Eggers et al., Scientific Reports 2017). Weitere befinden sich auf dem LIFS Webportal.
Gaschromatografie-Massenspektrometrie (GC-MS)
Wir führen quantitative Fettsäureanalysen sowie Komponentenanalysen von Kohlenhydraten, Aminosäuren und Glykokonjugaten unter Verwendung spezifischer chemischer Derivatisierungen durch.
Instrumente:
Agilent Technologies 5975 inert XL Mass Selective Detector;
Agilent Technologies 5975C inert XL Mass Selective Detector
Massenspektrometrie (MS)
Wir führen OMICs-basierte Experimente sowie Strukturanalysen mit hochauflösender Massenspektrometrie (MS1, MS2) durch.
(Turska-Szewcuk et al., Mar Drugs. 2014; Abdullah et al, Mol Microbiol. 2014; Hogendorf et al., Chemistry 2014; Gisch et al., J. Biol. Chem. 2018; Voß et al. Vaccines 2020, Gisch et al. Glycobiology 2021).
Instrumentelle Plattformen:
- Quadrupole Time of Flight MS (Q-ToF Ultima, Micromass jetzt Waters) coupled with Microflow HPLC-System (1100 Series, Agilent)
- Hybrid quadrupole-orbitrap Massenspektrometer (Q Exactive Plus, Thermo Scientific) ausgestattet mit Microflow HPLC-System (1100, 1260 Series, Agilent) und/oder Triversa Nanomate (Advion)
- Hybrid Cyclic IMS - TOF (Waters) gekoppelt mit Microflow HPLC-System (1100 Series, Agilent) und/oder Triversa Nanomate (Advion)
LC-MS/MS Quantifizierung von Antibiotika und Therapeutika - Triple Quadrupole Massenspektrometer (Quattro Premier XE, Micromass jetzt Waters) ausgestattet mit einem 1100 LC-System (Agilent).
- Triple Quadrupole Massenspektrometer (XEVO TQ-MS, Waters) ausgestattet mit einem 1100 LC-System (Agilent).
Kernspinresonanzspektroskopie (NMR)
Für Strukturanalysen verwenden wir ein- und zwei-dimensionale (COSY, NOESY, HSQC; HMBC etc.) Experimente für 1H, 13C und 31P (Gisch et al., J. Biol. Chem. 2013; Heß, Waldow, Kohler et al., Nat. Commun. 2017; Waldow et al., J. Biol. Chem. 2018; Gisch et al., J. Biol. Chem. 2018).
Instrumente:
Bruker Avance lll 700 MHz; ausgestattet mit einem inversen 5-mm Vierfach-Resonanz (1H,13C,15N,31P) Cryo-Probenkopf oder einem inversen 1.7-mm Dreifach-Resonanz (1H,13C,15N) micro-Cryo-Probenkopf;
Bruker Avance ll 360 MHz; u.a. ausgestattet mit einem inversen 5-mm Zweifach-Resonanz Breitband- Probenkopf
Shotgun Lipidomics
Lipidextrakte werden bei uns direkt mittels hochauflösender Tandem-Massenspektrometrie analysiert, um ihre Komplexität aufzulösen (Schwudke et al., Cold Spring Harb Perspect Biol. 2011; Eggers and Schwudke, Clinical Metabolomics, Methods in Molecular Biology 2018). Des Weiteren verwenden wir Lipidomics-Screens zur Probenanalyse in biomedizinischen Studien (Schwudke et al., Anal Chem. 2007; Subramanian et al., Dis Model Mech. 2013; Müller et al., J. Virol. 2018; Hofmann et al., BBA - Molecular and Cell Biology of Lipids 2018).
2024
Arias-Rojas, A, Arifah, AQ, Angelidou, G, Alshaar, B, Schombel, U, Forest, E, Frahm, D, Brinkmann, V, Paczia, N & Beisel, CL et al. 2024, 'MprF-mediated immune evasion is necessary for Lactiplantibacillus plantarum resilience in the Drosophila gut during inflammation', PLOS PATHOGENS, Jg. 20, Nr. 8, S. e1012462. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1012462
Bickel, J, Aboutara, N, Jungen, H, Szewczyk, A, Müller, A, Ondruschka, B & Iwersen-Bergmann, S 2024, 'Morphine concentrations in fatalities after palliative treatment of acute burn injury', International journal of legal medicine, Jg. 138, Nr. 3, S. 839-847. https://doi.org/10.1007/s00414-024-03164-9
Bickel, J, Szewczyk, A, Aboutara, N, Jungen, H, Müller, A, Ondruschka, B & Iwersen-Bergmann, S 2024, 'Chiral analysis of amphetamine, methamphetamine, MDMA and MDA enantiomers in human hair samples', Journal of Analytical Toxicology, Jg. 48, Nr. 4, S. 226-234. https://doi.org/10.1093/jat/bkae026
Brugger, D, Wilhelm, B, Schusser, B, Gisch, N, Matthes, J, Zhao, J & Windisch, W 2024, 'Masson Pine pollen (Pinus massoniana) activate HD11 chicken macrophages invitro', Journal of ethnopharmacology, Jg. 325, S. 117870. https://doi.org/10.1016/j.jep.2024.117870
Hehner, J, Schneider, L, Woitalla, A, Ott, B, Vu, KCT, Schöbel, A, Hain, T, Schwudke, D & Herker, E 2024, 'Glycerophospholipid remodeling is critical for orthoflavivirus infection', Nature communications, Jg. 15, Nr. 1, S. 8683. https://doi.org/10.1038/s41467-024-52979-y
Kopczynski, D, Ejsing, CS, McDonald, JG, Bamba, T, Baker, ES, Bertrand-Michel, J, Brügger, B, Coman, C, Ellis, SR & Garrett, TJ et al. 2024, 'The Lipidomics Reporting Checklist A framework for transparency of lipidomic experiments and repurposing resource data', JOURNAL OF LIPID RESEARCH , Jg. 65, Nr. 9, S. 100621. https://doi.org/10.1016/j.jlr.2024.100621
Li, F, Marwitz, F, Rudolph, D, Gauda, W, Cohrs, M, Neumann, PR, Lucas, H, Kollan, J, Tahir, A, Schwudke, D, Feldmann, C, Hädrich, G & Dailey, LA 2024, 'A Comparative Pharmacokinetics Study of Orally and Intranasally Administered 8-Nitro-1,3-benzothiazin-4-one (BTZ043) Amorphous Drug Nanoparticles', ACS pharmacology & translational science, Jg. 7, Nr. 12, S. 4123-4134. https://doi.org/10.1021/acsptsci.4c00558
Marwitz, F, Hädrich, G, Redinger, N, Besecke, KFW, Li, F, Aboutara, N, Thomsen, S, Cohrs, M, Neumann, PR & Lucas, H et al. 2024, 'Intranasal Administration of Bedaquiline-Loaded Fucosylated Liposomes Provides Anti-Tubercular Activity while Reducing the Potential for Systemic Side Effects', ACS infectious diseases, Jg. 10, Nr. 9, S. 3222-3232. https://doi.org/10.1021/acsinfecdis.4c00192
Maybin, M, Ranade, AM, Schombel, U, Gisch, N, Mamat, U & Meredith, TC 2024, 'IS1-mediated chromosomal amplification of the arn operon leads to polymyxin B resistance in Escherichia coli B strains', mBio, Jg. 15, Nr. 7, S. e0063424. https://doi.org/10.1128/mbio.00634-24
Paulikat, AD, Schwudke, D, Hammerschmidt, S & Voß, F 2024, 'Lipidation of pneumococcal proteins enables activation of human antigen-presenting cells and initiation of an adaptive immune response', FRONTIERS IN IMMUNOLOGY, Jg. 15, S. 1392316. https://doi.org/10.3389/fimmu.2024.1392316
Payen, S, Giroux, M-C, Gisch, N, Schombel, U, Fittipaldi, N, Segura, M & Gottschalk, M 2024, 'Lipoteichoic acids influence cell shape and bacterial division of Streptococcus suis serotype 2, but play a limited role in the pathogenesis of the infection', Veterinary Research, Jg. 55, Nr. 1, S. 34. https://doi.org/10.1186/s13567-024-01287-w
Scheffzük, C, Biedziak, D, Gisch, N, Goldmann, T & Stamme, C 2024, 'Surfactant protein A modulates neuroinflammation in adult mice upon pulmonary infection', Brain research, Jg. 1840, S. 149108. https://doi.org/10.1016/j.brainres.2024.149108
Schromm, AB, Correa, W, Gisch, N, Steiniger, F, Richter, W, Martinez-de-Tejada, G, Brandenburg, K & von Wintzingerode, F 2024, 'Supramolecular assembly of micellar aggregates is the basis of low endotoxin recovery (LER) in a drug formulation that can be resolved by a whole blood assay', Biomedicine & pharmacotherapy, Jg. 173, S. 116286. https://doi.org/10.1016/j.biopha.2024.116286
Silverman, GJ, Azzouz, DF, Gisch, N & Amarnani, A 2024, 'The gut microbiome in systemic lupus erythematosus: lessons from rheumatic fever', Nature reviews. Rheumatology, Jg. 20, Nr. 3, S. 143-157. https://doi.org/10.1038/s41584-023-01071-8
2023
Azzouz, D, Chen, Z, Izmirly, PM, Chen, LA, Li, Z, Zhang, C, Mieles, D, Trujillo, K, Heguy, A, Pironti, A, Putzel, GG, Schwudke, D, Fenyo, D, Buyon, JP, Alekseyenko, AV, Gisch, N & Silverman, GJ 2023, 'Longitudinal gut microbiome analyses and blooms of pathogenic strains during lupus disease flares', ANNALS OF THE RHEUMATIC DISEASES . https://doi.org/10.1136/ard-2023-223929
Burda, P-C, Ramaprasad, A, Bielfeld, S, Pietsch, E, Woitalla, A, Söhnchen, C, Singh, MN, Strauss, J, Sait, A, Collinson, LM, Schwudke, D, Blackman, MJ & Gilberger, T-W 2023, 'Global analysis of putative phospholipases in Plasmodium falciparum reveals an essential role of the phosphoinositide-specific phospholipase C in parasite maturation', mBio, Jg. 14, Nr. 4, S. e0141323. https://doi.org/10.1128/mbio.01413-23
DZIF R-Net Study Group, Doijad, SP, Gisch, N, Frantz, R, Kumbhar, BV, Falgenhauer, J, Imirzalioglu, C, Falgenhauer, L, Mischnik, A, Rupp, J, Behnke, M, Buhl, M, Eisenbeis, S, Gastmeier, P, Gölz, H, Häcker, GA, Käding, N, Kern, WV, Kola, A, Kramme, E, Peter, S, Rohde, AM, Seifert, H, Tacconelli, E, Vehreschild, MJGT, Walker, SV, Zweigner, J, Schwudke, D & Chakraborty, T 2023, 'Resolving colistin resistance and heteroresistance in Enterobacter species', Nature communications, Jg. 14, Nr. 1, 140, S. 140. https://doi.org/10.1038/s41467-022-35717-0
Frantz, R, Gwozdzinski, K, Gisch, N, Doijad, SP, Hudel, M, Wille, M, Abu Mraheil, M, Schwudke, D, Imirzalioglu, C, Falgenhauer, L, Ehrmann, M & Chakraborty, T 2023, 'A Single Residue within the MCR-1 Protein Confers Anticipatory Resilience', Microbiology spectrum, Jg. 11, Nr. 3, S. e0359222. https://doi.org/10.1128/spectrum.03592-22
Holzinger, JM, Toelge, M, Werner, M, Ederer, KU, Siegmund, HI, Peterhoff, D, Blaas, SH, Gisch, N, Brochhausen, C, Gessner, A & Bülow, S 2023, 'Scorpionfish BPI is highly active against multiple drug-resistant Pseudomonas aeruginosa isolates from people with cystic fibrosis', eLife, Jg. 12, e86369. https://doi.org/10.7554/eLife.86369
Klabunde, B, Wesener, A, Bertrams, W, Beinborn, I, Paczia, N, Surmann, K, Blankenburg, S, Wilhelm, J, Serrania, J, Knoops, K, Elsayed, EM, Laakmann, K, Jung, AL, Kirschbaum, A, Hammerschmidt, S, Alshaar, B, Gisch, N, Mraheil, MA, Becker, A, Völker, U, Vollmeister, E, Benedikter, BJ, Schmeck, B 2023, 'NAD+ metabolism is a key modulator of bacterial respiratory epithelial infections', Nature communications, 14 (1):5818. https://doi.org/10.1038/s41467-023-41372-w
Kopczynski, D, Hoffmann, N, Troppmair, N, Coman , C, Ekroos, K, Kreutz, MR, Liebisch, G, Schwudke, D, Ahrends, R 2023, 'LipidSpace: Simple Exploration, Reanalysis, and Quality Control of Large-Scale Lipidomics Studies', Analytical Chemistry, 95 (41):15236-15244. https://doi.org/10.1021/acs.analchem.3c02449
Minhas, V, Domenech, A, Synefiaridou, D, Straume, D, Brendel, M, Cebrero, G, Liu, X, Costa, C, Baldry, M, Sirard, J-C, Perez, C, Gisch, N, Hammerschmidt, S, Håvarstein, LS & Veening, J-W 2023, 'Competence remodels the pneumococcal cell wall exposing key surface virulence factors that mediate increased host adherence', PLOS BIOLOGY , Jg. 21, Nr. 1, S. e3001990. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3001990
Schwudke, D 2023, 'What information is contained in experimentally determined lipid profiles?', Frontiers in Analytical Sciences, Jg. 3, 1157582. https://doi.org/10.3389/frans.2023.1157582
Buchkapitel / Book Chapter:
Kopczynski D, Krause D, Al Machot F, Schwudke D, Hoffmann N, Ahrends R. 2023, 'The Past and Future of Lipidomics Bioinformatics.', Mass Spectrometry for Lipidomics: Methods and Applications 1, 271-290, https://doi.org/10.1002/9783527836512.ch10
2022
Brandenburg J, Heyckendorf J, Marwitz F, Zehethofer N, Linnemann L, Gisch N, Karaköse H, Reimann M, Kranzer K, Kalsdorf B, Sanchez-Carballo P, Weinkauf M, Scholz V, Malm S, Homolka S, Gaede KI, Herzmann C, Schaible UE, Hölscher C, Reiling N, Schwudke D 2022, 'Tuberculostearic Acid-Containing Phosphatidylinositols as Markers of Bacterial Burden in Tuberculosis', ACS Infect Dis., Jg. 8, Nr. 7, S. 1303-1315. https://doi.org/10.1021/acsinfecdis.2c00075
Dannenberger D, Eggert A, Kalbe C, Woitalla A, Schwudke D. 2022, 'Are n-3 PUFAs from Microalgae Incorporated into Membrane and Storage Lipids in Pig Muscle Tissues?-A Lipidomic Approach', ACS Omega, Jg. 7, Nr. 28, S. 24785-24794. https://doi.org/10.1021/acsomega.2c02476
Gerster, T, Wröbel, M, Hofstaedter, CE, Schwudke, D, Ernst, RK, Ranf, S & Gisch, N 2022, 'Remodeling of Lipid A in Pseudomonas syringae pv. phaseolicola In Vitro', INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES , Jg. 23, Nr. 4, 1996. https://doi.org/10.3390/ijms23041996
Gisch, N, Utpatel, C, Gronbach, LM, Kohl, TA, Schombel, U, Malm, S, Dobos, KM, Hesser, DC, Diel, R, Götsch, U, Gerdes, S, Shuaib, YA, Ntinginya, NE, Khosa, C, Viegas, S, Kerubo, G, Ali, S, Al-Hajoj, SA, Ndung’u, PW, Rachow, A, Hoelscher, M, Maurer, FP, Schwudke, D, Niemann, S, Reiling, N & Homolka, S 2022, 'Sub-Lineage Specific Phenolic Glycolipid Patterns in the Mycobacterium tuberculosis Complex Lineage 1', Frontiers in Microbiology, Jg. 13, S. 832054. https://www.frontiersin.org/article/10.3389/fmicb.2022.832054
Heidler von Heilborn, D, Nover, L-L, Weber, M, Hölzl, G, Gisch, N, Waldhans, C, Mittler, M, Kreyenschmidt, J, Woehle, C, Hüttel, B & Lipski, A 2022, 'Polar lipid characterization and description of Chryseobacterium capnotolerans sp. nov., isolated from high CO2-containing atmosphere and emended descriptions of the genus Chryseobacterium, and the species C. balustinum, C. daecheongense, C. formosense, C. gleum, C. indologenes, C. joostei, C. scophthalmum and C. ureilyticum', INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, Jg. 72, Nr. 5. https://doi.org/10.1099/ijsem.0.005372
Hoffmann N, Mayer G, Has C, Kopczynski D, Al Machot F, Schwudke D, Ahrends R, Marcus K, Eisenacher M, Turewicz M 2022, 'A Current Encyclopedia of Bioinformatics Tools, Data Formats and Resources for Mass Spectrometry Lipidomics', Metabolites, Jg. 12, Nr. 7, S. 584. https://doi.org/10.3390/metabo12070584
Huck, BC, Thiyagarajan, D, Bali, A, Boese, A, Besecke, KFW, Hozsa, C, Gieseler, RK, Furch, M, Carvalho-Wodarz, C, Waldow, F, Schwudke, D, Metelkina, O, Titz, A, Huwer, H, Schwarzkopf, K, Hoppstädter, J, Kiemer, AK, Koch, M, Loretz, B & Lehr, C-M 2022, 'Nano-in-Microparticles for Aerosol Delivery of Antibiotic-loaded, Fucose-derivatized and Macrophage-targeted Liposomes to Combat Mycobacterial Infections: In Vitro deposition, Pulmonary Barrier Interactions and Targeted Delivery', Advanced healthcare materials, S. e2102117. https://doi.org/10.1002/adhm.202102117
Kupsch, S, Eggers, LF, Spengler, D, Gisch, N, Goldmann, T, Fehrenbach, H, Stichtenoth, G, Krause, MF, Schwudke, D & Schromm, AB 2022, 'Characterization of phospholipid-modified lung surfactant in vitro and in a neonatal ARDS model reveals anti-inflammatory potential and surfactant lipidome signatures', European journal of pharmaceutical sciences, Jg. 175, S. 106216. https://doi.org/10.1016/j.ejps.2022.106216
McDonald JG, Ejsing CS, Kopczynski D, Holčapek M, Aoki J, Arita M, Arita M, Baker ES, Bertrand-Michel J, Bowden JA, Brügger B, Ellis SR, Fedorova M, Griffiths WJ, Han X, Hartler J, Hoffmann N, Koelmel JP, Köfeler HC, Mitchell TW, O'Donnell VB, Saigusa D, Schwudke D, Shevchenko A, Ulmer CZ, Wenk MR, Witting M, Wolrab D, Xia Y, Ahrends R, Liebisch G, Ekroos K 'Introducing the Lipidomics Minimal Reporting Checklist', Nat. Metab. 2022 Aug 8. Online ahead of print. https://doi.org/10.1038/s42255-022-00628-3
Öhlmann, S, Krieger, A-K, Gisch, N, Meurer, M, de Buhr, N, von Köckritz-Blickwede, M, Schütze, N & Baums, CG 2022, 'd-Alanylation of Lipoteichoic Acids in Streptococcus suis Reduces Association With Leukocytes in Porcine Blood', Frontiers in Microbiology, Jg. 13, S. 822369. https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.822369
Palusińska-Szysz, M, Jurak, M, Gisch, N, Waldow, F, Zehethofer, N, Nehls, C, Schwudke, D, Koper, P & Mazur, A 2022, 'The human LL-37 peptide exerts antimicrobial activity against Legionella micdadei interacting with membrane phospholipids', BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-MOLECULAR AND CELL BIOLOGY OF LIPIDS, Jg. 1867, Nr. 6, S. 159138. https://doi.org/10.1016/j.bbalip.2022.159138
Stafford CA, Gassauer AM, de Oliveira Mann CC, Tanzer MC, Fessler E, Wefers B, Nagl D, Kuut G, Sulek K, Vasilopoulou C, Schwojer SJ, Wiest A, Pfautsch MK, Wurst W, Yabal M, Fröhlich T, Mann M, Gisch N, Jae LT, Hornung V, 'Phosphorylation of muramyl peptides by NAGK is required for NOD2 activation', Nature, 2022 Aug 24. Online ahead of print. https://doi.org/10.1038/s41586-022-05125-x
Walter, K, Kokesch-Himmelreich, J, Treu, A, Waldow, F, Hillemann, D, Jakobs, N, Lemm, A-K, Schwudke, D, Römpp, A & Hölscher, C 2022, 'Interleukin-13 overexpressing mice represent an advanced pre-clinical model for detecting the distribution of anti-mycobacterial drugs within centrally necrotizing granulomas', Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 66 (6): e01588-21. https://doi.org/10.1128/AAC.01588-21
Leitung der Forschungsgruppe
Wissenschaftliche Mitarbeiter:innen
Technische Mitarbeiter:innen
Alumni
- Belal Alshaar (2023) now at ISAS Dortmund
- Dr. Anke Bollen
- Birte Buske (now at Johann Heinrich Thünen Institut für Holzforschung)
- Kerstin Dathe
- M. Sc. Lisa M. Deter
- Dr. Lars F. Eggers (Boehringer Ingelheim)
- M. Sc. Christopher Jahn
- Dr. Hande Karaköse
- Dr. Matthias Krajewski
- Daniel Krause
- Brigitte Kunz
- PD Dr. Buko Lindner
- Helga Lüthje
- PD. Dr. Fadi Al Machot now Professor for Datamining and Machine Learning at Norwegian University of Life Sciences (NMBU)
- Dr. Chakravarthy Marella
- Verena Scholz
- Annika Sündermann
- Michael Weinkauf (verstorben: 24.3.2021), Nachruf
- Anna Woitalla (now at Landesamt für Soziale Dienste, Schleswig Holstein)
- Dr. Adam Wutkowski
- Prof. Dr. Ulrich Zähringer
- Dr. Nicole Zehethofer (now at Thermo Fisher Scientific (Bremen) GmbH)