Molekulare & Experimentelle Mykobakteriologie
Schwerpunkt
Um die Tuberkulose und andere Lungenerkrankungen in Zukunft erfolgreicher bekämpfen zu können, ist ein besseres Verständnis der Pathobiologie der Erreger, ihrer Evolution, Übertragung, globalen Ausbreitung und Interaktion mit dem Wirt von entscheidender Bedeutung. Hier setzt die translationale Forschungsagenda der FG MolMyc mit folgenden Schwerpunkten an: Analyse der lokalen und globalen Transmissionsdynamik, Aufklärung von Resistenz- und kompensatorischen Mechanismen, Studium der Populationsstruktur und Evolution der Mtbk Stämme und anderer Pathogene, Beschreibung der Virulenz, Physiologie und Pathobiologie von Mykobakterien, Anwendung von Hochdurchsatz Technologien in Forschung und Diagnostik, Umsetzung neuer Technologien in Ländern mit hoher Inzidenz, sowie individualisierte Therapie und Evolutionsmedizin.
Die Arbeiten der FG basieren auf einer exzellenten methodischen Expertise. Die Arbeiten der FG basieren auf einer exzellenten methodischen Expertise. "Next Generation Sequencing" (NGS) Verfahren werden für die hochauflösende Charakterisierung von Erregergenomen und -transkriptomen eingesetzt. Die methodische und technische Expertise konnte durch Anschaffung eines Illumina NextSeq 2000 und PacBio Sequel II weiter ausgebaut werden. In den letzten Jahren wurden ca. 9000 Proben pro Jahr sequenziert. Insgesamt sind Genomdaten von mehr als 60.000 Mtbk Stämmen und anderen Pathogenen für weiterführende Analysen verfügbar. Die IT-Infrastruktur wurde entsprechend angepasst (Server, Speicher) und bioinformatische Analyseverfahren wurden kontinuierlich weiterentwickelt. Im Pathobiologie-Labor stehen in vitro und in vivo Modelle zur Analyse klinischer Mtbk-Stämme in pathobiologisch relevanten Stresssituationen (Sauerstoffdefizit/Dormanz, Antibiotika, Infektion) mit angeschlossen Verfahren zur DNA-, RNA- und Proteinanalyse zur Verfügung. Als neuer Schwerpunkt wurde ein Evolutionsmedizin-Labor mit verschiedenen Methoden wie Langzeit Evolution von Mtbk-Stämmen und Antibiotika Selektion, Hysteresis, Antibiotika Toleranz und Persister-Modellen aufgebaut.
Die FG konnte diese Forschungsagenda in vielfältige Kollaborationen und langfristige Drittmittelprojekte einbringen, die eine hervorragende Basis für die zukünftigen Arbeiten bieten. Ein wichtiger Aspekt hierbei ist die Integration in das Deutsche Zentrum für Infektionsforschung (DZIF), in Netzwerkprojekte der Deutschen Forschungsgemeinschaft (RTG TransEVO, PMI EXC 2167), des BMBF (TB-Sequel 2023-2026), des BMG (Projekt im „Global Health Protection Programme“, GHPP) und des Leibniz WissenschaftsCampus (LWC EvoLUNG). Ein Meilenstein in diesem Jahr war die erneute Ernennung zum Nationalen Referenzzentrum für Mykobakterien (zusammen mit der DiagMyc). Schlüsselprojekte der gemeinsamen Arbeit mit dem NRZ sind der Aufbau einer flächendeckenden, integrierten molekularen TB-Surveillance in Deutschland (IMS-TB, Zusammen mit dem RKI), die konstante Verbesserung der molekularen Diagnostik in Deutschland, aber auch internationale Zusammenarbeiten z.B. mit der WHO, und Studien zur Ausbreitung und Virulenz von Mykobakterien, und die Unterstützung von Partnerlaboratorien beim Aufbau von diagnostischen Kapazitäten inkl. Genomsequenzierung.
Im DZIF leitet die FG den Schwerpunkt „TB Epidemiology and Diagnostics“. Hier werden ergänzende Studien zur aktuellen Transmissionsdynamik/Epidemiologie in verschiedenen Ländern durchgeführt. So werden die longitudinalen Studien in Deutschland (Hamburg, Hannover, Frankfurt, MDR-Stämme) weitergeführt und besonders auf den Aspekt „TB und Migration“ fokussiert. Ein weiteres wichtiges Forschungsthema im DZIF, aber auch im EXC PMI, und in internationalen Projekten ist die Weiterentwicklung von „Precision Medicine“-Konzepten für die Behandlung von Patienten mit DR-TB. Hier kommt der molekularen Diagnostik eine besondere Bedeutung zu, da für viele neuere Medikamente keine phänotypischen Verfahren für die Resistenztestung zur Verfügung stehen (Fig. 1). Um Resistenzmechanismen für neue Antibiotikakandidaten aufzuklären, werden im „Pathogen Evolution“ Labor Langzeitevolutionsexperimente durchgeführt, in dem Mtbk-Stämme über einen langen Zeitraum Antibiotika ausgesetzt werden (ERA4TB). Der neuartige evolutionsbiologische Ansatz hat sich als hervorragende Methode zur Selektion von resistenten Mutanten mit einer großen phänotypischen und genetischen Vielfalt erwiesen. Die generierten Daten sollen die Etablierung von diagnostischen Verfahren vor der ersten breiten Anwendung des Wirkstoffs ermöglichen, die dann schnell zur Verfügung stehen und unmittelbar Information über etwaig entstehende Mutationen liefern können. Diese in vitro Arbeiten, werden durch große Datensätze von klinischen Mtbk-Stämmen aus Implementations- und Surveillance-Studien ergänzt. Diese bieten ideale Voraussetzungen die Korrelation von Genotyp und Phänotyp für die Vorhersage von Resistenzen aus Genomdaten weiter zu verbessern, aber auch die Populationsstruktur, Evolution und Ausbreitung der TB-Erreger zu analysieren.
Die FG konnte diese Forschungsagenda in vielfältige Kollaborationen und langfristige Drittmittelprojekte einbringen, die eine hervorragende Basis für die zukünftigen Arbeiten bieten. Ein wichtiger Aspekt hierbei ist die Integration in das Deutsche Zentrum für Infektionsforschung (DZIF), in Netzwerkprojekte der Deutschen Forschungsgemeinschaft (RTG TransEVO, PMI EXC 2167), des BMBF (TB-Sequel 2023-2026), des BMG (Projekt im „Global Health Protection Programme“, GHPP) und des Leibniz WissenschaftsCampus (LWC EvoLUNG). Ein Meilenstein in diesem Jahr war die erneute Ernennung zum Nationalen Referenzzentrum für Mykobakterien (zusammen mit der DiagMyc). Schlüsselprojekte der gemeinsamen Arbeit mit dem NRZ sind der Aufbau einer flächendeckenden, integrierten molekularen TB-Surveillance in Deutschland (IMS-TB, Zusammen mit dem RKI), die konstante Verbesserung der molekularen Diagnostik in Deutschland, aber auch internationale Zusammenarbeiten z.B. mit der WHO, und Studien zur Ausbreitung und Virulenz von Mykobakterien, und die Unterstützung von Partnerlaboratorien beim Aufbau von diagnostischen Kapazitäten inkl. Genomsequenzierung.
Im DZIF leitet die FG den Schwerpunkt „TB Epidemiology and Diagnostics“. Hier werden ergänzende Studien zur aktuellen Transmissionsdynamik/Epidemiologie in verschiedenen Ländern durchgeführt. So werden die longitudinalen Studien in Deutschland (Hamburg, Hannover, Frankfurt, MDR-Stämme) weitergeführt und besonders auf den Aspekt „TB und Migration“ fokussiert. Ein weiteres wichtiges Forschungsthema im DZIF, aber auch im EXC PMI, und in internationalen Projekten ist die Weiterentwicklung von „Precision Medicine“-Konzepten für die Behandlung von Patienten mit DR-TB. Hier kommt der molekularen Diagnostik eine besondere Bedeutung zu, da für viele neuere Medikamente keine phänotypischen Verfahren für die Resistenztestung zur Verfügung stehen (Fig. 1). Um Resistenzmechanismen für neue Antibiotikakandidaten aufzuklären, werden im „Pathogen Evolution“ Labor Langzeitevolutionsexperimente durchgeführt, in dem Mtbk-Stämme über einen langen Zeitraum Antibiotika ausgesetzt werden (ERA4TB). Der neuartige evolutionsbiologische Ansatz hat sich als hervorragende Methode zur Selektion von resistenten Mutanten mit einer großen phänotypischen und genetischen Vielfalt erwiesen. Die generierten Daten sollen die Etablierung von diagnostischen Verfahren vor der ersten breiten Anwendung des Wirkstoffs ermöglichen, die dann schnell zur Verfügung stehen und unmittelbar Information über etwaig entstehende Mutationen liefern können. Diese in vitro Arbeiten, werden durch große Datensätze von klinischen Mtbk-Stämmen aus Implementations- und Surveillance-Studien ergänzt. Diese bieten ideale Voraussetzungen die Korrelation von Genotyp und Phänotyp für die Vorhersage von Resistenzen aus Genomdaten weiter zu verbessern, aber auch die Populationsstruktur, Evolution und Ausbreitung der TB-Erreger zu analysieren.
BMBF
- Deutsches Zentrum für Infektionsforschung (DZIF) - Translationale Einheit Tuberkulose (TTU TB): Koordination, Infrastruktur: Labor für Next Generation Sequencing (EpiMyc)
- TBseqDISK: Molekulardiagnostischer Schnelltest kombiniert mit Next Generation Sequencing zur schnellen, wirtschaftlichen Diagnose und umfassenden Resistenzbestimmung der Tuberkulose
- TB Sequel: Comorbidität, Risikofaktoren und Folgeerkrankungen, die den individuellen Behandlungserfolg der Tuberkulose sowie die Auswirkungen auf das öffentliche Gesundheitswesen bestimmen
BMG
- SeqMDRTB_NET: Netzwerk zur Anwendung von Sequenziertechnologien zur Bekämpfung resistenter Tuberkulose in Hochinzidenzregionen
- PHIMS-TB: Deutschland weite integrierte molekulare Überwachung der Tuberkulose
- MetaCorDia: Metagenomik Labor für den Nachweis von Coronaviren in respiratorischen Patientenmaterialien & Strukturierte medizinische Ersteinschätzung (SmE), schnelle Diagnostik im Rahmen eines Corona Virus Ausbruchs und neue antivirale Stoffe am FZB 1.1. - 31.12.2020
- Public Health Beitrag einer bundesweiten integrierten molekularen Surveillance am Beispiel der Tuberkulose, 2020 - 2022
- Sub-Saharan SeqNet: Sub-Saharan African Network for Genomic Diagnostics and Surveillance of Lung Pathogens, 01/2023 – 12/2025.
- NRZ: National Reference Center for Mycobacteria, 01/2023 – 12/2025.
DFG
- PMI:Cluster of Excellence Precision Medicine in Chronic Inflammation, 10/2019 – 12/2025
- Trans Evo: PhD-Programm zur translationalen evolutionären Forschung
FP7 ERANET Lac
- MDR-TBNet: Wirt-Pathogen Interaktionen bei der Multidrug-resistenten Tuberkulose (MDRTB): Studie der molekularen Epidemiologie, der Immunantwort des Wirts und der Genom-basierten Prädiktion sowie der frühen Identifizierung von MDRTB in Hochinzidenz-Gebieten
HORIZON 2020/European Developing Countries Clinical Trials Partnership (EDCTP)
- WANETAM: Westafrikanisches Exzellenz-Netzwerk für TB, AIDS und Malaria
- RaPaed-AIDA-TB: Schnelle und genaue Diagnose der pädiatrischen TB - eine AIDA (Assessment für innovative Diagnostik und Algorithmen für frühe und sensitive Detektion der akuten TB) Plattform Studie
- CoreNB: Collision of three global pandemics: the effect of tuberculosis and HIV on the epidemiological, clinical, virological and immunological trajectory of COVID-19 in Botswana and Namibia, 09/2021 – 12/2023.
- CutTB: Community and universal testing for TB among contacts, 10/2020 – 09/2024.
- PanGenS: Pan-Africa network for genomic surveillance of poverty related diseases and emerging pathogens, 01.07.23 – 30.06.27.
European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC)
- EUseqMyTB: Pilotstudie über die Anwendung des Whole Genome Sequencing für molekulare Typisierung und Charakterisierung von tuberculosis in der EU
- GenEpi-BioTrain: Genomic Epidemiology and Public Health Bioinformatics Trainings in the EU/EEA, the Western Balkans and Turkey, 01.01.23 – 31.12.26.
Innovative Medicines Initiative (IMI)
- UNITE4TB: Academia and industry united innovation and treatment for tuberculosis, 06/2021 – 05/2028.
- ERA4TB: European Regimen Accelerator for Tuberculosis ERA4TB, 10/2019 – 8/2025.
National Institutes of Health (NIH)
- R21 AI154089: Human adaptation and transmissibility of Mycobacterium tuberculosis genetic lineages. A genomic epidemiology study to guide TB control, 04/2021 – 03/2023.
- R01 AI155765: Investigating bacterial contributions to TB treatment response: a focus on in-host pathogen dynamics, 09/2020 – 08/2025.
- R01AI147336: Improved understanding of TB transmission by accounting for within-host heterogeneity of M. tuberculosis: A population-based molecular epidemiology study in a high HIV prevalent setting, 02/2020 – 01/2025
- R01AI170204: The effect of HIV on SARS-CoV-2 transmission and emergence of variants of concern, 07/05/2022 – 06/30/2026.
European Union
- CORVOS: Complement Regulation and Variations in opportunistic infections: Definition der Aufgabe des Komplementsystems für die TB Infektion unter Berücksichtigung der Stamm-Variation
- DRTB-HDT: stratifizierte Wirt-gerichtete Therapy der Medikamenten-resistenten Tuberkulose: eine randomisiert kontrollierte Multi-Center Studie
Wellcome Trust/ Bill&Melinda Gates Stiftung
- Cryptic/Wellcome Trust: Umfassende Resistenzvorhersage für die Tuberkulose: ein internationales Konsortium
Leibniz Wissenschaftscampus
- EvoLUNG: Evolutionäre Medizin der Lunge
Leibniz Center Infection
- Epigenetische Konsequenzen der Mtbc Infektion: Durchführung von Infektionsexperimenten, RNA-Sequenzierung und Methylom Analysen
European and Developing Countries Clinical Trials Partnership (EDCTP)
- Core-NB: Collision of three global pandemics: the effect of tuberculosis and HIV on the epidemiological, clinical, virological and immunological trajectory of COVID-19 in Botswana and Namibia
Core-NB is an observational study supported by EDCTP and conducted by epidemiologists and researchers from Namibia, Botswana and Germany...
Drittmittel
European and Developing Countries Clinical Trials Partnership (EDCTP)
- Core-NB: Collision of three global pandemics: the effect of tuberculosis and HIV on the epidemiological, clinical, virological and immunological trajectory of COVID-19 in Botswana and Namibia
Core-NB is an observational study supported by EDCTP and conducted by epidemiologists and researchers from Namibia, Botswana and Germany.
Since February 2020, COVID-19 has become a global pandemic with unprecedented impact on public health and society in general. So far, most cases have occurred in high-income countries, and consequently, COVID-19 diagnostics and research have been established mainly in these countries. Looking at the global South, it becomes apparent that here Sars-Cov 2 meets already existing infectious diseases such as HIV and tuberculosis (TB). Both diseases themselves affect the immune systems of the patients and subsequently affect the immune response to further infection with other pathogens. The influence of HIV and tuberculosis on the course of COVID-19 disease is a particular gap in our knowledge. It is therefore important to understand how these three pandemics interact.
Core-NB brings together researchers from the University of Namibia (UNAM) with health experts from VICTUS GLOBAL BOTSWANA ORGANISATION (VGBO) and Health POVERTY ACTIONS (HPA). Both VGB and HPA are non-profit organisations (NGOs) working to improve lives through health promotion and economic empowerment. It is worth noting that VGBO was founded by women in Botswana, who also form the board of this organisation. The Research Center Borstel Leibniz Lung Center, as the coordinating institute, will not only be responsible for management and reporting, but will also offer training workshops to push capacity building in the partner countries.
The project includes two studies that will be conducted sequentially. The first study will follow the WHO protocol for household transmission investigations in the context of COVID-19. It will explore transmission frequency and describe the clinical spectrum of disease. Samples collected will also serve as basis for COVID-19 molecular epidemiology and host immunological response. The second study will evaluate the presentation, diagnosis and clinical characteristics of individuals presenting to sentinel health facilities in both countries. The project will have a strong laboratory strengthening component which will enhance COVID-19 laboratory and research capacity.
This will include the development of skills and knowledge for diagnostic testing and COVID-19 sequencing and will build scientific and research capacity. The findings from this project will provide robust data to assist in guiding national responses to COVID-19 in both countries as well as assisting with our understanding of the pathogenesis of the virus in the context of TB and HIV, in turn providing vital information on how to deliver clinical care and how to design therapeutics and vaccines.
Consortium
Research Center Borstel
Leibniz Lung Center
Prof. Dr. Stefan Niemann
www.fz-borstel.de
UNAM – UNIVERSITY OF NAMIBIA
Prof. Dr. Mareli Claassens
www.unam.edu.na
VICTUS GLOBAL BOTSWANA ORGANISATION
Dr. Chawanga Modongo
www.victusglobal.org
HEALTH POVERTY ACTION
Dr. Tadesse Kassaye Woldetsadik
www.healthpovertyaction.org
Management Team
Coordination
Prof. Dr. Stefan Niemann
Scientific Project Management
Dr. Christiane Gerlach
LINQ Management GmbH
www.linq-management.com
- Standardisierte Kultursysteme für die Analyse von klinischen M. tuberculosis Isolaten (auch große Mengen)
- Standardisierte Methoden für die Isolierung von genomischer DNA, RNA und intrazellulärem Protein
- Molekularbiologische Methoden für die Analyse genomischer DNA und RNA (Agarose Gel Elektrophorese, Southern Blot, PCR, Real Time PCR, DNA-Sequenz-Analyse, Microarray)
- Genotypisierung von M. tuberculosis-Komplex-Isolaten mittels IS6110-DNA-Fingerprint
- Spoligotyping
- Mycobacterial Interspersed Repetitive Units-Variable Number of Tandem Repeats (MIRU-VNTR)-Analyse
- Analyse von Großen Sequenzpolymorphismen (“Regions of Difference”).
- Analyse von Punktmutationen („Single Nucleotide Polymorphisms“)
- Genexpressionsanalysen von M. tuberculosis-Komplex-Isolaten mittels: Real-Time PCR
- Gesamtgenom Expressionsanalysen mittels Microarray
- Generierung von M. tuberculosis GVO (S3)
- Bioinformatische Analyse und Archivierung von Typisierungsdaten mit der Bionumerics Software
- Bioinformatische Analyse von Sequenzdaten mit verschiedenen Spezialprogrammen (Seqscape, Lasergene, GenDB)
2024
Barilar, I, Fernando, T, Utpatel, C, Abujate, C, Madeira, CM, José, B, Mutaquiha, C, Kranzer, K, Niemann, T & Ismael, N et al. 2024, 'Emergence of bedaquiline-resistant tuberculosis and of multidrug-resistant and extensively drug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains with rpoB Ile491Phe mutation not detected by Xpert MTB/RIF in Mozambique: a retrospective observational study', Lancet Infectious Diseases, Jg. 24, Nr. 3, S. 297-307. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(23)00498-X
Blankson, HNA, Kamara, RF, Barilar, I, Andres, S, Conteh, OS, Dallenga, T, Foray, L, Maurer, F, Kranzer, K & Utpatel, C et al. 2024, 'Molecular determinants of multidrug-resistant tuberculosis in Sierra Leone', Microbiology spectrum, Jg. 12, Nr. 3, S. e0240523. https://doi.org/10.1128/spectrum.02405-23
CRyPTIC Consortium 2024, 'Quantitative measurement of antibiotic resistance in Mycobacterium tuberculosis reveals genetic determinants of resistance and susceptibility in a target gene approach', Nature communications, Jg. 15, Nr. 1, S. 488. https://doi.org/10.1038/s41467-023-44325-5
Danchuk, SN, Solomon, OE, Kohl, TA, Dreyer, V, Barilar, I, Utpatel, C, Niemann, S, Soolingen, DV, Anthony, R & van Ingen, J et al. 2024, 'Challenging the gold standard: the limitations of molecular assays for detection of Mycobacterium tuberculosis heteroresistance', Thorax. https://doi.org/10.1136/thorax-2023-220202
Götz, MP, Duque Villegas, MA, Fageräng, B, Kerfin, A, Skjoedt, M-O, Garred, P & Rosbjerg, A 2024, 'Transient Binding Dynamics of Complement System Pattern Recognition Molecules on Pathogens', JOURNAL OF IMMUNOLOGY, Jg. 212, Nr. 9, S. 1493-1503. https://doi.org/10.4049/jimmunol.2300768
Günther, G, Mhuulu, L, Diergaardt, A, Dreyer, V, Moses, M, Anyolo, K, Ruswa, N, Claassens, M, Niemann, S & Nepolo, E 2024, 'Bedaquiline Resistance after Effective Treatment of Multidrug-Resistant Tuberculosis, Namibia', EMERGING INFECTIOUS DISEASES, Jg. 30, Nr. 3, S. 568-571. https://doi.org/10.3201/eid3003.240134
Meiwes, L, Kontsevaya, I, Chesov, D, Kulciţkaia, S, Dreyer, V, Hillemann, D, Dlamini, Q, Williams, C, Barer, M & Brinkmann, F et al. 2024, 'Whispers in the wind: Face mask sampling for Mycobacterium tuberculosis detection in children with pulmonary tuberculosis', JOURNAL OF INFECTIOUS DISEASES. https://doi.org/10.1093/infdis/jiae282
Phelan, JE, Utpatel, C, Ismail, N, Cortes, T, Niemann, S, Cirillo, DM, Schön, T, Miotto, P & Köser, CU 2024, 'Careful classification of potential bedaquiline resistance mutations is critical when analysing their clinical impact', INTERNATIONAL JOURNAL OF TUBERCULOSIS AND LUNG DISEASE, Jg. 28, Nr. 6, S. 312-313. https://doi.org/10.5588/ijtld.24.0083
Rupasinghe, P, Reenaers, R, Vereecken, J, Mulders, W, Cogneau, S, Merker, M, Niemann, S, Vally Omar, S, Rigouts, L & Köser, CU et al. 2024, 'Refined understanding of the impact of the Mycobacterium tuberculosis complex diversity on the intrinsic susceptibility to pretomanid', Microbiology spectrum, Jg. 12, Nr. 3, S. e0007024. https://doi.org/10.1128/spectrum.00070-24
Shavuka, O, Iipumbu, E, Boois, L, Günther, G, Hoddinott, G, Lin, H-H, Nepolo, E, Niemann, S, Ruswa, N & Seddon, J et al. 2024, 'Enhanced active case finding of drug-resistant tuberculosis in Namibia: a protocol for the hotspots, hospitals, and households (H3TB) study', BMJ open, Jg. 14, Nr. 2, S. e082665. https://doi.org/10.1136/bmjopen-2023-082665
Svensson, E, Ketelsen, H, Andres, S, Folkvardsen, DB, Hillemann, D, Conteh, O, Norman, A, Niemann, S, Lillebaek, T & Kuhns, M 2024, 'Dual-centre evaluation of the FluoroType MTBDR version 2 assay for detection of Mycobacterium tuberculosis complex and resistance-conferring mutations in pulmonary and extrapulmonary samples from Denmark, Germany and Sierra Leone', CLINICAL MICROBIOLOGY AND INFECTION . https://doi.org/10.1016/j.cmi.2024.04.006
Utpatel, C, Zavaleta, M, Rojas-Bolivar, D, Mühlbach, A, Picoy, J, Portugal, W, Esteve-Solé, A, Alsina, L, Miotto, P & Bartholomeu, DC et al. 2024, 'Prison as a driver of recent transmissions of multidrug-resistant tuberculosis in Callao, Peru: a cross-sectional study', Lancet regional health. Americas, Jg. 31, S. 100674. https://doi.org/10.1016/j.lana.2024.100674
Wetzstein, N, Diricks, M, Andres, S, Kuhns, M, Marschall, L, Biciusca, T, Smaczny, C, Friesen, I, Niemann, S & Wichelhaus, TA 2024, 'Genomic diversity and clinical relevance of Mycobacterium simiae', ERJ Open Research, Jg. 10, Nr. 2, 00773-2023. https://doi.org/10.1183/23120541.00773-2023
2023
Baker, CR, Barilar, I, de Araujo, LS, Rimoin, AW, Parker, DM, Boyd, R, Tobias, JL, Moonan, PK, Click, ES, Finlay, A, Oeltmann, JE, Minin, VN, Modongo, C, Zetola, NM, Niemann, S & Shin, SS 2023, 'Use of High-Resolution Geospatial and Genomic Data to Characterize Recent Tuberculosis Transmission, Botswana', EMERGING INFECTIOUS DISEASES, Jg. 29, Nr. 5, S. 977-987. https://doi.org/10.3201/eid2905.220796
Botelho, J, Tüffers, L, Fuss, J, Buchholz, F, Utpatel, C, Klockgether, J, Niemann, S, Tümmler, B & Schulenburg, H 2023, 'Phylogroup-specific variation shapes the clustering of antimicrobial resistance genes and defence systems across regions of genome plasticity in Pseudomonas aeruginosa', EBioMedicine, Jg. 90, S. 104532. https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2023.104532
Comprehensive Resistance Prediction for Tuberculosis: an International Consortium, Sonnenkalb, L, Carter, JJ, Spitaleri, A, Iqbal, Z, Hunt, M, Malone, KM, Utpatel, C, Cirillo, DM, Rodrigues, C, Nilgiriwala, KS, Fowler, PW, Merker, M & Niemann, S 2023, 'Bedaquiline and clofazimine resistance in Mycobacterium tuberculosis: an in-vitro and in-silico data analysis', The Lancet. Microbe, Jg. 4, Nr. 5, S. e358-e368. https://doi.org/10.1016/S2666-5247(23)00002-2
de Araujo, L, Cabibbe, AM, Mhuulu, L, Ruswa, N, Dreyer, V, Diergaardt, A, Günther, G, Claassens, M, Gerlach, C, Utpatel, C, Cirillo, DM, Nepolo, E & Niemann, S 2023, 'Implementation of targeted next-generation sequencing for the diagnosis of drug-resistant tuberculosis in low-resource settings: a programmatic model, challenges, and initial outcomes', Frontiers in public health, Jg. 11, S. 1204064. https://doi.org/10.3389/fpubh.2023.1204064
Diel, R, Meywald-Walther, K, Schwarzbach, C, Voss, K, Dreyer, V & Niemann, S 2023, 'Risk of tuberculosis transmission by children in Hamburg, Germany', RESPIRATORY MEDICINE , Jg. 209, S. 107152. https://doi.org/10.1016/j.rmed.2023.107152
ERA4TB consortium, van Wijk, RC, Lucía, A, Sudhakar, PK, Sonnenkalb, L, Gaudin, C, Hoffmann, E, Dremierre, B, Aguilar-Ayala, DA, Molin, MD, Rybniker, J, de Giorgi, S, Cioetto-Mazzabò, L, Segafreddo, G, Manganelli, R, Degiacomi, G, Recchia, D, Pasca, MR, Simonsson, USH & Ramón-García, S 2023, 'Implementing best practices on data generation and reporting of Mycobacterium tuberculosis in vitro assays within the ERA4TB consortium', iScience, Jg. 26, Nr. 4, S. 106411. https://doi.org/10.1016/j.isci.2023.106411
Gries, R, Dal Molin, M, Chhen, J, van Gumpel, E, Dreyer, V, Niemann, S & Rybniker, J 2023, 'Characterization of Two Novel Inhibitors of the Mycobacterium tuberculosis Cytochrome bc1 Complex', ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY, Jg. 67, Nr. 7, S. e0025123. https://doi.org/10.1128/aac.00251-23
Ismael, N, van Wyk, S, Tegally, H, Giandhari, J, San, JE, Moir, M, Pillay, S, Utpatel, C, Singh, L, Naidoo, Y, Ramphal, U, Mabunda, N, Abílio, N, Arnaldo, P, Xavier, J, Amoako, DG, Everatt, J, Ramphal, Y, Maharaj, A, de Araujo, L, Anyaneji, UJ, Tshiabuila, D, Viegas, S, Lessells, R, Engelbrecht, S, Gudo, E, Jani, I, Niemann, S, Wilkinson, E & de Oliveira, T 2023, 'Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 during the first four waves in Mozambique', PLOS global public health, Jg. 3, Nr. 3, S. e0001593. https://doi.org/10.1371/journal.pgph.0001593
Koehler, N, Andres, S, Merker, M, Dreyer, V, John, A, Kuhns, M, Krieger, D, Choong, E, Verougstraete, N, Zur Wiesch, PA, Wicha, SG, König, C, Kalsdorf, B, Sanchez Carballo, PM, Schaub, D, Werngren, J, Schön, T, Peloquin, CA, Schönfeld, N, Verstraete, AG, Decosterd, LA, Aarnoutse, R, Niemann, S, Maurer, FP & Lange, C 2023, 'Pretomanid-Resistant Tuberculosis', Journal of infection, Jg. 86, Nr. 5, S. 520-524. https://doi.org/10.1016/j.jinf.2023.01.039
Pérez-Llanos, FJ, Dreyer, V, Barilar, I, Utpatel, C, Kohl, TA, Murcia, MI, Homolka, S, Merker, M & Niemann, S 2023, 'Transmission Dynamics of a Mycobacterium tuberculosis Complex Outbreak in an Indigenous Population in the Colombian Amazon Region', Microbiology spectrum, S. e0501322. https://doi.org/10.1128/spectrum.05013-22
Rollo, RF, Mori, G, Hill, TA, Hillemann, D, Niemann, S, Homolka, S, Fairlie, DP & Blumenthal, A 2023, 'Wollamide Cyclic Hexapeptides Synergize with Established and New Tuberculosis Antibiotics in Targeting Mycobacterium tuberculosis', Microbiology spectrum, Jg. 11, Nr. 4, S. e0046523. https://doi.org/10.1128/spectrum.00465-23
Smith, JP, Modongo, C, Oeltmann, JE, Dima, M, Matsiri, O, Fane, O, Molefi, T, Shin, SS, Barilar, I, Niemann, S, Zetola, NM & Moonan, PK 2023, 'High-Resolution Characterization of Nosocomial Mycobacterium tuberculosis Transmission Events in Botswana', American journal of epidemiology, Jg. 192, Nr. 3, S. 503-506. https://doi.org/10.1093/aje/kwac214
Tagliani, E, Kohl, TA, Ghodousi, A, Groenheit, R, Holicka, Y, Niemann, S, Maurer, FP, Cirillo, DM & Cambau, E 2023, 'Appeal from the European reference laboratory network for tuberculosis for improving the diagnosis of infections caused by non-tuberculous mycobacteria', CLINICAL MICROBIOLOGY AND INFECTION . https://doi.org/10.1016/j.cmi.2023.06.005
TBNET and RESIST-TB networks, Domínguez, J, Boeree, MJ, Cambau, E, Chesov, D, Conradie, F, Cox, V, Dheda, K, Dudnyk, A, Farhat, MR, Gagneux, S, Grobusch, MP, Gröschel, MI, Guglielmetti, L, Kontsevaya, I, Lange, B, van Leth, F, Lienhardt, C, Mandalakas, AM, Maurer, FP, Merker, M, Miotto, P, Molina-Moya, B, Morel, F, Niemann, S, Veziris, N, Whitelaw, A, Horsburgh, CR & Lange, C 2023, 'Clinical implications of molecular drug resistance testing for Mycobacterium tuberculosis: a 2023 TBnet/RESIST-TB consensus statement', Lancet Infectious Diseases, Jg. 23, Nr. 4, S. e122-e137. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(22)00875-1
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Leitung der Forschungsgruppe
Wissenschaftliches Projektmanagement
Wissenschaftliche Mitarbeiter:innen
Theodor-Stern-Kai 7, 60590 Frankfurt/Main, Germany
Technische Mitarbeiter:innen
