Experimentelle ­Mykologie und ­Mikrobiomforschung

Pilzinfektionen der Lunge bergen ein erhebliches und zunehmendes Risiko für die menschliche Gesundheit. Unser Ziel ist es, die evolutionären und molekularen Mechanismen aufzudecken, die es diesen Krankheitserregern ermöglichen, Krankheiten auszulösen und sich einer Behandlung zu widersetzen. Mit Hilfe von Genomik, Mikrobiomforschung und experimenteller Biologie streben wir die Entwicklung neuer Strategien für Diagnose, Prävention und Therapie an.

• "Flipping the switch on fungal pH adaptation". Wellcome Trust. 2026-2031
• CIFAR Azrieli Global Scholar Program. 2025-2027
• "Environmental interactions shape human virulence in fungi”. Boeringer Ingelheim Foundation. 2025-2027
• "Fungal RNA Transmission Impacting Human Epigenome Regulation”. Leibniz Collaborative Excellence. 2024-2027

Mikrobiologie und Molekularbiologie:

• EUCAST-Antimykotika-Empfindlichkeitstests bei Schimmelpilzen und Hefen
• Genetische Manipulation von Schimmelpilzen (z. B. Aspergillus fumigatus)
• Isolierung von genomischer DNA und RNA aus Pilzen und Wirtsgeweben, einschließlich hochmolekularer DNA
• PCR
• Sanger-Sequenzierung
• qPCR
• Spektrophotometrische und fluorometrische Qualitätskontrolle von DNA und RNA

Bioinformatik:

• Sequenzierung mit Illumina, PacBio und Oxford Nanopore
• Assemblierung und Annotation eukaryotischer Genome
• Pangenom-Graphen
• Amplikonbasierte Profilierung von Bakterien- und Pilzgemeinschaften (z. B. 16S- und ITS-Amplikone)
• Metagenom-Assemblierung, Binning, Annotation und taxonomische Profilierung
• Phylogenetische Rekonstruktion
• Co-Abundanz-Netzwerkanalyse
• Transkriptomanalyse, einschließlich dualer (Wirt-Pathogen-)RNAseq
• Gen-Set-Anreicherung und Signalweganalyse